《邗记》的版本主要有现藏**图书馆的稿本、现藏扬州图书馆的光绪十年仪征呈丙湘等传钞本、光绪十一年《传砚斋丛书》本、民国陈恒和《扬州丛刻》本,以及台北《丛书集书集成续编》本等。此次整理,以扬州广陵古籍刻印社藏版刷印的《场州丛刻》本为底本,以光绪《传砚斋丛书》本为参校本。原书征引文献众多,尤以“二十四史”为*,点校尽量核对原文。“二十四史”以中华书局标点本为据。其他则尽量选用善本。
整理方式主要是标点。只在他本互校中发现明显差异或错论时,方出校记。避讳字、通假字以及个别明显刻印错误等,一律径改,不出校记。本书引用文献明,有时作者有增删,为保持前后文义连贯,统一用引号,中间不作分别。原书引文出处或夹注文字,整理时一并加括号。