《医古文》内容分为上下编及附录。上编为医文部分，共50篇，含医家传记、医论、杂论、医序、医经注文、医案、医话等；下编为基础知识部分；附录中有三套不同类型的模拟自测题及其标准答案和486个常用词。每课前设目的要求、。自学时数、作者与著作简介、内容提要，后设复习思考题含白文50篇；课文分段设注，注文立足详准，综释与释词兼用，注释中的**词句加着重号。

上篇 文选
面授文章
一、扁鹊传
二、华佗传
三、丹溪翁传
四、医师章☆
五、秦医缓和*
六、赠医师葛某序*
七、医话四则
八、《本草纲目》六则
九、医案六则
十、元气存亡论*
十一、汗下吐三法该尽治病诠
十二、鼻对*
十三、赋禀*
十四、诸家得失策☆
十五、耐病解☆
十六、风痹脉论☆
十七、医须通本草论*
十八、《理瀹骈文》二则*
十九、《抱朴子》三则*
二十、养生论☆
二十一、阳不足再辨*
二十二、鉴药
二十三、大医精诚
二十四、不失人情论*
二十五、病家两要说
二十六、《内经》注文三则☆
二十七、《汉书·艺文志》序及方技略☆
二十八、《本草纲目》原序*
二十九、《医方集解》序☆
三十、《伤寒论》序
三十一、《备急千金要方》序☆
三十二、《黄帝内经紊问注》序
三十三、《类经》序☆
三十四、《温病条辨》叙☆
三十五、《外台秘要》序☆
三十六、《新修本草》序☆
自学文章
三十七、古简医方四则
三十八、《素问》校诂二则
三十九、《脉经》序
四十、《妇人大全良方》自序
四十一、医林趣事四则
四十二、祝医四则
四十三、议单腹胀脾虚将绝之候
四十四、除疾
四十五、劝医论
四十六、学医犹学弈
四十七、神农尝百草论
四十八、药性主治参互指归
四十九、医易义
五十、庞安时传