《普通高等教育"十一五"**级规划教材:基因组学(第3版)》共分14章，分别是：基因组、遗传图绘制、物理图绘制、基因组测序与序列组装、基因组序列注释、基因组解剖、基因的转录调控、转录物组、蛋白质组、基因组表观遗传、基因组的复制、基因组进化的分子基础、基因组进化的模式、基因组与生物进化。与第2版相比，第3版在如下方面做出了重大调整：第4章新增第三代测序；第5章增加基因本体及采用GeneOntology注释基因方法；第8章由原“RNA修饰与加工”改为“转录物组”，第8章中涉及小RNA、非编码RNA及其在不同层次的基因调控内容进行更新；第9章由原来的“蛋白质合成与加工”改为“蛋白质组”，相关内容进行更新；第10章扩充了表观遗传学内容。书后新增索引，各个章节根据学科进展和教学需要，对有关数据、图表、思考题、参考文献等也进行了更新和调整。

第1章基因组
1.1遗传的分子基础
1.1.1DNA的化学与生物学
1.1.2RNA的化学与生物学
1.1.3蛋白质的结构与生物学
1.2基因组序列复杂性
1.2.1C值与C值悖理
1.2.2序列复杂性
1.2.3基因组的序列组成
1.3基因与基因家族
1.3.1编码RNA的基因
1.3.2编码蛋白质的基因
1.3.3基因家族
1.3.4异常结构基因
1.3.5假基因
1.4染色体
1.4.1真核生物染色体
1.4.2原核生物染色体
1.5基因组
1.5.1人类基因组
1.5.2其他生物基因组
第2章遗传图绘制
2.1 遗传图与物理图
2.2遗传作图标记
2.2.1基因标记
2.2.2 DNA标记
2.3遗传作图的方法
2.3.1孟德尔遗传学简介
2.3.2连锁分析
2.3.3不同模式生物的连锁分析
2.4遗传图绘制
2.4.1人类遗传图
2.4.2水稻遗传图
第3章物理图绘制
3.1 限制性作图
3.1.1 限制性作图的基本方法
3.1.2限制性作图的局限
3.2基于克隆的基因组作图
3.2.1大分子DNA的克隆载体
3.2.2重叠群组建
3.2.3指纹作图
3.3原位染色体连锁图
3.3.1 同位素或荧光标记探针的原位杂交
3.3.2原位杂交
3.4辐射杂种作图
3.4.1序列标签位点
3.4.2辐射杂种作图的程序与方法
3.5基因组整合图
3.5.1人类基因组整合图
3.5.2水稻基因组整合图
第4章基因组测序与序列组装
4.1 DNA测序的方法
4.1.1**代DNA测序
4.1.2第二代DNA测序
4.1.3第三代DNA测序
4.2基因组测序
4.2.1基因组测序的策略
4.2.2基因组测序的覆盖面
4.2.3序列间隙与物理间隙
4.2.4插入片段的两端测序
4.3序列组装
4.3.1作图法测序与序列组装
4.3.2鸟枪法测序与序列组装
4.3.3不同测序路线与序列组装策略的
比较
4.4基因组测序的其他路线
4.4.1重要区域的优先测序
4.4.2 EST测序
4.4.3环境共栖生物基因组测序
4.5人类基因组测序与组装
4.5.1人类基因组的测序策略
4.5.2人类基因组测序的伦理学问题
4.5.3人类基因组测序计划相关的重大事件
第5章基因组序列注释
5.1 搜寻基因
5.1.1根据基因结构特征搜寻基因
5.1.2同源基因查询
5.1.3实验确认基因
5.1.4基因的命名与分类
5.2基因注释
5.2.1计算机预测基因功能
5.2.2蛋白质结构域在功能预测中的意义
5.2.3根据协同进化注释基因功能
5.3基因功能检测
5.3.1 基因失活是基因功能分析的主要手段
5.3.2基因的过量表达用于基因功能检测
5.4高通量基因功能的研究方法
5.4.1突变库构建
5.4.2 RNA干扰与基因功能检测
5.4.3蛋白质互作
5.5功能基因组学
5.5.1组学简介
5.5.2转录物组
5.5.3蛋白质组
5.5.4基因本体
第6章基因组解剖
6.1 原核生物基因组解剖
6.1.1原核生物基因组的物理结构
6.1.2原核生物基因组的遗传组成
6.2真核生物基因组解剖
6.2.1真核生物核基因组
6.2.2真核生物细胞器基因组
6.3转座因子与分散重复序列
6.3.1 DNA转座子
6.3.2逆转录因子与分散重复序列家族
6.3.3真核生物分散重复序列的比较
6.4 串联重复序列及其分布
6.5人类基因组的结构与组成
6.5.1人类基因组编码基因
6.5.2人类基因组非编码基因
6.6拟南芥基因组的结构与组成
6.6.1蛋白质编码基因
6.6.2 RNA编码基因
第7章基因的转录调控
7.1 原核生物基因的转录
7.1.1转录起始调控
7.1.2转录延伸与终止调控
7.2真核生物基因的转录
7.2.1 RNA聚合酶与转录因子
7.2.2真核生物Pol Ⅰ基因的转录起始与终止
7.2.3真核生物Pol Ⅱ基因的转录起始与终止
7.2.4真核生物Pol Ⅲ基因的转录起始与终止
7.2.5细胞器基因的转录
7.3古细菌基因的表达调控
……
第8章转录物组
第9章蛋白质组
第10章基因组表观遗传
第11章基因组的复制
第12章基因组进化的分子基础
第13章基因组进化的模式
第14章基因组与生物进化
索引