4.1.6.6
物理原因 缺失,影响引物与模板特异性结合,或因靶序列某段缺失使引物与模板失去互补序列,其PCR扩增是不会成功的。
4.1.6.7 靶序列变异
如靶序列发生突变或大片段的交叉污染,导致假阳性。这种假阳性可用以下方法解决:操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸人加样枪内或溅出离心管外。除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。所用离心管及进样枪头等均应一次性使用。必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。空气中的小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性,可互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致假阳性的产生,可用巢式PCR方法来减轻或消除。
4.1.6.8 假阳性
出现的PCR扩增条带与目的靶序列条带一致,有时其条带更整齐,亮度更高。
引物设计不合适:选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源性,因而在进行PCR扩增时,扩增出的PCR产物为非目的性的序列。靶序列太短或引物太短,容易出现假阳性,需重新设计引物。
靶序列或扩增产物的交叉污染,这种污染有两种原因:①整个基因组或变性对PCR扩增来说相当重要,如变性温度低、变性时间短,极有可能出现假阴性。②退火温度过低,可致非特异性扩增而降低特异性扩增效率;退火温度过高则影响引物与模板的结合而降低PCR扩增效率。有时还有必要用标准的温度计检测一下扩增仪或水溶锅内的变性、退火和延伸温度,这也是PCR成败的关键之一。
4.1.6.9 出现非特异性扩增带
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。非特异性条带的出现,其原因有:①引物与靶序列不完全互补或引物聚合形成二聚体。②Mg2+离子浓度过高、退火温度过低、PCR循环次数过多。③酶的质和量。往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。
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