孙一奎，字文垣，号东宿，别号生生子，安徽省休宁县人。生于明嘉靖年间，幼受儒学，十五岁后攻读轩岐遗书及诸家医籍，又问业于汪石山弟子黄古潭先生。并挟医术，遍游各地，广询远揽，访问名贤，探冥搜奇，其术益精。万历初，客吴兴，为人治病多验，医名日起。
《孙文垣医案》是《赤水玄珠全集》（又称《孙一奎医学全书》）内之一种，由孙一奎之子编辑，成书于明万历元年（1573），一名《赤水玄珠医案》，又名《生生子医案》，按孙氏临证所在地区不同而分为《三吴治验》（一、二卷）、《新都治验》（三、四卷）及《宜兴治验》（五卷），共收载验案三百九十七则。《孙文垣医案》论病详确，临症精思，论证有独见，治病有特色，文笔流畅，语言通俗。本书较全面地反映孙氏诊治特色及临床经验，足堪后人师法，且对发掘整理研究中医药学及指导临床作出了一定的贡献。
《孙文垣医案》版本众多，如明万历十二年甲申刻本、古歙黄鼎明万历二十四年丙申刻本、清汲古阁刻本、日本明历三年风月堂庄左卫门刊本、清东佛镇天宝楼刻本等。

医案一卷
三吴治验
万历龙飞二年吴小峰小川目疾
万历龙飞二年小春月，予始游苕之东双林。于时，族兄吉泉之友吴小峰与其弟小川俱病目，专科者愈治愈重。其目始红肿，次加太阳痛，继则白星翳叠出。予不以目科名，而识者称予大方，因谋于吉泉曰：医以通变为良，昔秦越人过邯郸，闻贵妇人，则为带下医；过洛阳，闻周人爱老人，则为耳目痹医。闻东宿君国手也，必能随俗为变，愿一言去吾兄弟目疾。吉泉邀予，余日：嘉靖间论医者，必首西吴，如周仲仁氏、凌汉章氏、王宾湖氏者，皆擅一时名，其家世必有传也，何需于予？吉泉曰：渠家慕弟久矣，且其尊人受博士易，为西吴名家，弟好易，幸一往，藉此为谈易地，毋逊。诊其脉，小峰之脉，濡而缓大，两目血缕直贯瞳人，薄暮则疼。小川之脉，皆洪大鼓指，黑珠有浮翳瘼，隐涩难开，大小便皆不利。故于小峰用补，先以清肝散与之。
……

医案一卷
三吴治验
万历龙飞二年吴小峰小川目疾
万历甲戌沈中丞案
张孝廉后渠大头疫
吴江孙行人痛风（有发明）
郑都谏公子痘（有发明）
张文学子心病虚弱（有发明）
大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）
董龙山夫人便血
马厨疟痢并发（有发明）
吴肖峰令政腹痛（有发明）
大光禄庞太夫人寒热头痛，饱闷
光禄公痰火胁痛（有发明）
张思轩夫人心痹（有发明）
马迪庵公内伤，腹胀，大小便不利（有发明）
潘大司马肠风
马凤林内子隐疾（有发明）
舜田臧公气虚中满
金溪令君臧老夫人大头疫（有发明）
潘见所公半身不遂（有发明）
见所公白浊（有发明）
凌夫人孕
���元岩令眷产后痢
沈别驾夫人产后发热（有发明）
吴太夫人白带
吴北海令政经行四肢累累发块红紫
周刍玉白浊
竹匠妇妊娠吐血胸腹胀痛（有发明）
李妓梦遗咳嗽
金妓时疫
曹镗胸膈不畅
李双痛风
沈别驾门下老仆三阳合病（有发明）
蔡中林内人阳明少阳合病
吴九宜先生早晨泄泻
沈大官左膝肿痛不能起止
沈继庵下痢脱肛，内人干霍乱
沈晴岳先生五更耳鸣
潘景宇内人头痛作泻
臧六老上吐血下泻血
臧氏妇脐边痛下痢红白
丁耀川令堂吐血，左胯肛门互换作痛
丁文学令姊晕厥
金良关咳嗽吐红，潮热，左胁不能卧
倪五娘子口眼歪斜
王祖泉令政头痛恶寒，汗出如雨
……
医案二卷
医案三卷
医案四卷
医案五卷