《幻想数学大战2•数学神殿》故事总纲:亚特兰蒂斯的正北方,在雄壮的山脉里边,有一个神秘的数学世界,这里的万物皆由数值组成。在一千年前的数学大战中,勇敢的精灵和聪明的人类,联合善战的杜沃夫勇士们击败了无限魔王,并用7个封印囚禁了这个大魔头和他的军队,从而拯救了数学世界。
千年之后,封印被破坏,亚特兰蒂斯再度陷入魔王复活的危机中。
魔法师美娜受命前往人类世界,寻找一位热血少年,他的身**淌着千年前拯救过数学世界的X骑士之血。可偏偏神符找到的X骑士之血继承人——知修,却是一名到了小学三年级,还不会背诵小九九乘法口诀的顽皮学生。