故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满10岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小精灵使用权，并从大木博士手中领取一只小精灵。小智为了要成为**的小精灵训练家，而必须踏上修行的旅程接受考验．不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它人晚了一步．好不容易从博士那里领来没有人要的皮卡丘，谁知皮卡丘却难以照料又特别固执。就在前往下一站常磐市的途中，他们遇上了麻烦！皮卡丘被野生小精灵突袭，危在旦夕……

第1集 真新镇！踏上新的征程
第2集 飞艇怎么成了不幸的艇
第3集 南国的神奇宝贝与GS球
第4集 赶快拯救乘龙！
GS神奇宝贝球的秘密
柑橘群岛观光手册
下集预告

前情简介：
小智是一位非常有志向的少年，他的目标是要拥有世界**的神奇宝贝。就在他10岁生日的时候，他怀揣着参加神奇宝贝联盟大会的梦想，踏上了修学旅行的道路。
在家的时候一切顺利，到了路上就大不相同了。也许是因为性格有点孤僻的原因吧，也许是因为火箭队的人一直在打小智的伙伴皮卡丘的主意吧，小智被卷入了一桩桩奇怪的事件。
尽管如此，他在旅行的路上遇到了两位坚强的朋友小霞和小刚。有了他们的帮助，又得到了火恐龙、妙蛙种子等功力强大的神奇宝贝，战斗力也逐步得到了提高。*终，小智参加了神奇宝贝联盟大会，但是，与那些全国水平的高手相比，小智的实力似乎还是稍逊一筹。
明年的大赛一定要夺冠，小智的心里暗暗下定决心，再次踏上了返回故乡的道路。