本书包括:什么是生物信息学,计算机技术,核酸序列分析,蛋白质序列分析,基因组数据库,统计学基础等十二章内容。

第1章什么是生物信息学1.1生物信息学的起源和特点1.2生物信息学内涵1.2.1生物信息学的科学基础1.2.2生物信息学的意义1.2.3生物信息学的研究内容1.3生物信息学的研究现状和趋势1.4生物信息学的学习和实践1.4.1对生物信息学学科的定位1.4.2对教学需求的定位1.4.3教学策略的定位1.4.4生物信息学的教材1.4.5生物信息学的教学方法思考与练习参考文献第2章计算机技术2.1互联网的应用2.2软件的获得和使用2.2.1InsightⅡ2.2.2GCGWisconsinPackage2.2.3SeqStore2.3编制特定的应用程序2.4数据管理2.4.1数据库基本概念2.4.2数据库体系结构2.4.3关系数据库2.4.4数据库的保护思考与练习参考文献第3章核酸序列分析3.1核酸序列数据库3.1.1GenBank数据库3.1.2EMBL数据库3.1.3DDBJ数据库3.1.4NDB数据库3.2序列数据库检索3.2.1序列比对工具3.2.2Entrez数据库查询系统3.2.3SRS数据库查询系统3.2.4MEDLINE文献检索工具3.3核酸二级数据库3.3.1真核生物启动子数据库3.3.2基因调控转录因子数据库3.3.3单核苷酸多态性数据库思考与练习参考文献第4章蛋白质序列分析4.1蛋白质序列数据库4.1.1SWISS-PROT4.1.2PIR-PSD4.1.3NRL-3D数据库4.1.4OWL数据库4.2蛋白质结构数据库4.2.1PDB4.2.2SCOP4.2.3CATH4.3蛋白质序列二级数据库4.3.1蛋白质功能位点数据库4.3.2蛋白质序列指纹图谱数据库4.3.3蛋白质序列模块数据库4.3.4蛋白质序列家族数据库4.3.5酶数据库4.3.6可变剪接数据库4.3.7构象参数数据库4.3.8蛋白质家族数据库4.3.9同源蛋白质数据库思考与练习参考文献第5章基因组数据库5.1人类基因组数据库5.2在线人类孟德尔遗传信息数据库5.3线虫基因组数据库5.4酵母基因组数据库5.5其他基因组数据库5.5.1大肠杆菌K12基因组数据库5.5.2果蝇基因组数据库5.5.3玉米基因组数据库5.5.4京都基因和基因组百科全书思考与练习参考文献第6章统计学基础6.1统计推断6.1.1抽样分布6.1.2假设检验的基本方法6.1.3正态总体的假设检验6.2方差分析6.2.1单因素方差分析6.2.2双因素方差分析6.3回归分析6.3.1一元线性回归6.3.2a,b的*小二估计6.3.3相关性检验思考与练习参考文献第7章模式识别方法7.1遗传算法7.1.1遗传算法概要7.1.2遗传算法的运算过程7.1.3遗传算法的特点7.1.4遗传算法的应用7.2人工神经网络7.2.1神经网络定义7.2.2神经网络基本原理7.2.3神经网络应用7.3支持向量机7.3.1统计学习理论的核心内容7.3.2支持向量机7.3.3核函数7.3.4支持向量机的应用7.3.5SVM的不足思考与练习参考文献第8章分子模拟8.1分子模型可视化8.1.1结构模型8.1.2生物大分子模型8.1.3分子属性的可视化8.2分子力场8.2.1基本原理8.2.2内坐标8.2.3经验势函数力场8.2.4部分分子力场简介8.3蒙特卡罗方法8.3.1蒙特卡罗方法基础8.3.2蒙特卡罗模拟算法8.4分子动力学方法8.4.1基本原理8.4.2数值算法思考与练习参考文献第9章结构和功能预测9.1蛋白质结构预测9.1.1蛋白质结构的一般概念9.1.2从头预测方法9.1.3基于知识的蛋白质结构预测9.1.4正误构象的判断9.2RNA的二级结构预测9.2.1独立碱基对9.2.2有环结构9.2.3提高内环计算效率9.3基因预测9.3.1核酸序列预测与鉴定的步骤9.3.2屏蔽重复序列9.3.3开放读框的识别9.3.4CpG岛9.3.5基因编码区的预测9.3.6基因序列的从头分析9.4计算机辅助**设计9.4.1直接**设计9.4.2间接**设计9.4.3组合化学与**设计相结合9.4.4抗SARS冠状病毒**的设计思考与练习参考文献第10章脯氨酸的生物信息学研究10.1脯氨酸肽键的构象10.2基于神经网络的脯氨酸肽键构象的筛选的研究10.2.1材料与方法10.2.2测试结果10.2.3分析与讨论10.3基于支持向量机的脯氨酸肽键构象预测方法的研究10.3.1材料与方法10.3.2结果10.3.3讨论10.4多聚脯氨酸-Ⅱ型的预测方法的研究10.4.1材料与方法10.4.2结果10.4.3讨论参考文献第11章蛋白质二硫键的生物信息学研究11.1蛋白质二硫键研究概述11.1.1大肠杆菌二硫键的形成11.1.2真核生物二硫键的形成11.1.3二硫键形成预测11.1.4半胱氨酸氧化还原状态预测11.1.5二硫键连接模式预测11.2二硫键序列分布特征分析11.2.1材料与方法11.2.2结果与讨论11.3大肠杆菌二硫键形成与基因密码子关联性分析11.3.1影响同义密码子用语的因素11.3.2材料与方法11.3.3结果与讨论参考文献第12章a-淀粉酶的生物信息学研究12.1不同界a-淀粉酶氨基酸差别12.1.1材料与方法12.1.2结果与分析12.2a-淀粉酶氨基酸含量与其*适pH的关系12.2.1材料与方法12.2.2结果与分析12.3a-淀粉酶*适pH的相关二肽和特征二肽12.3.1材料与方法12.3.2结果与分析12.4直链淀粉的分子动力学模拟12.4.1计算参数的设定12.4.2结果与讨论