宋高宗绍兴二十五年乙亥（公元11纪年），锦官史崧校正“家藏旧本”《灵枢经》九卷，八十一篇，并增修音释，附于卷末，刻为二十四卷（后人改为十二卷），即为流传至今之《黄帝内经灵枢》。
本书所论医理，与《素问》属于同一体系。所不同者，除阐发阴阳五行、藏府气血、病机治则外，着重论述了经络、输穴、针具、刺法等。明代马玄台深得《灵枢》之精蕴，于《灵枢注证发微》中谓其“大体浑全，细目毕具，犹儒书之有大学，三纲八目总言互发，真医家之指南，其功当先于《素问》也”。
《灵枢》刊行后，流传甚广，复经多次重刻。现存主要版本有：元胡氏古林书堂刻本、明嘉靖赵简王朱厚煜居敬堂刊本、明熊氏种德堂刻本等。此次校点以赵府居敬堂本为底本。只留正文，删去音释。参校胡本、熊本、日刊本、正统道藏本等。并参阅《太素》、《甲乙经》、《脉经》、《千金要方》、《千金翼方》、《外台秘要》、《类经》、《永乐大典》及马注、张注、黄注等。

卷之一
九针十二原**（法天）
本输第二（法地）
小针解第三（法人）
邪气藏府病形第四（法时）
卷之二
根结第五（法音）
寿天刚柔第六（法律）
官针第七（法星）
本神第八（法风）
终始第九（法野）
卷之三
经脉第十
经别第十一
经水第十二
卷之四
经筋第十三
骨度第十四
五十营第十五
营气第十六
脉度第十七
营卫生会第十八
四时气第十九
卷之五
五邪第二十
寒热病第二十一
癫狂病第二十二
热病第二十三
厥病第二十四
病本第二十五
杂病第二十六
周痹第二十七
口问第二十八
卷之六
师传第二十九
决气第三十
肠胃第三十一
平人绝骨第三十二
海论第三十三
五乱第三十四
胀论第三十五
五癃津液别第三十六
五阅五使第三十七
逆顺肥瘦第三十八
血络论第三十九
阴阳清浊第四十
卷之七
阴阳系日月第四十一
病传第四十二
淫邪发梦第四十三
顺气一日分为四时第四十四
外揣第四十五
五变第四十六
本藏第四十七
卷之八
禁服第四十八
五色第四十九
论勇第五十
背腧第五十一
卫气第五十二
论痛第五十三
天年第五十四
逆顺第五十五
五味第五十六
……
卷之九
卷之十
卷之十一
卷之十二
附 黄帝八十一难经