计算机辅助**设计以化学和生物理论为基础,通过分子模拟、预测**与靶点之间的分子识别,设计和优化先导化合物,在新药研发中发挥着不可或缺的作用。《计算机辅助**设计理论及应用》针对学生在计算机辅助**设计学习过程中可能遇到的各种问题,介绍了数据库、定量构效关系、药效团、分子对接、虚拟筛选、同源模建、分子动力学模拟、自由能计算理论以及**设计过程中常用软件和数值计算方法。《计算机辅助**设计理论及应用》覆盖全面,简单实用,加入了大量应用实例,穿插操作方法和技巧;每个章节自成体系,从易到难,层次分明。

目录 **章 绪论(1) **节 新药开发的基本途径和方法(1) 第二节 计算机辅助**设计的常用研究方法(10) 第三节 计算机辅助**设计的常用软件(14) 第四节 近年来CADD在**设计中的应用实例(19) 参考文献(21) 第二章 计算机辅助**设计的相关基础(23) **节 计算机辅助**设计的生命科学基础(23) 第二节 计算机辅助**设计的药学基础(40) 第三节 计算机辅助**设计的Linux基础(48) 参考文献(62) 第三章 常用数据库和基础软件的使用(64) **节 **设计常用数据库(64) 第二节 **和靶点的三维结构显示及绘制软件(79) 第三节 EndNote文献管理(85) 参考文献(91) 第四章 基于配体的**分子设计(92) **节 定量构效关系(QSAR)(92) 第二节 药效团模型(119) 参考文献(125) 第五章 基于受体的**分子设计(129) **节 分子对接的原理和分类(129) 第二节 分子对接的搜索算法(130) 第三节 分子对接的打分函数(134) 第四节 分子对接的操作流程(138) 第五节 分子对接实例(144) 第六节 虚拟筛选实例(147) 参考文献(153) 第六章 蛋白质结构预测及全新**设计(158) **节 同源建模(158) 第二节 同源模建实例(171) 第三节 蛋白质结合位点预测(178) 第四节 全新**设计方法(182) 参考文献(186) 第七章 分子动力学模拟(190) **节 分子动力学模拟的原理(190) 第二节 恒温恒压分子动力学模拟与溶剂模型(196) 第三节 分子动力学模拟的主要步骤(201) 第四节 分子动力学模拟应用实例(210) 参考文献(231) 第八章 结合自由能的计算(234) **节 生物大分子体系结合自由能研究的背景及意义(234) 第二节 结合自由能计算方法(238) 第三节 基于MM/PBSA自由能算法的操作实例(241) 第四节 自由能计算实例(247) 参考文献(258) 第九章 **靶点的构象分析(260) **节 **靶点基础(260) 第二节 粗粒化模型(262) 第三节 自由能曲面(275) 第四节 聚类分析(279) 第五节 自由能曲面和聚类分析实例(282) 第六节 ProDy使用(286) 参考文献(291) 第十章 **设计常用的数值分析(295) **节 相关和回归分析(295) 第二节 ROC曲线(305) 第三节 基于贝叶斯分类的类药性预测(313) 第四节 Matlab在**设计中的应用(322) 参考文献(337) 附录 常用Linux计算软件的安装(339) 中英文对照索引(347) 附图(363)