本书由二十余所高校联合编写而成，系统全面地介绍生物信息学的基本概念与内容。全书共14 章，内容涵盖分子生物学数据库、序列结构与功能分析、基因表达与非编码RNA 转录分析、蛋白质结构与功能、系统生物学、合成生物学，以及计算生物学等生物信息学中的**问题。

序
第三版前言
**版前言
**章生物信息学的概念及发展历史1
**节生物信息学的发展历史1
第二节生物信息学的研究领域5
第二节生物信息学的主要应用6
第四节生物信息学面临的挑战9
思考题10
参考文献10
第二章生物学戴帽库及真检索11
**节生物学数据库简介11
第二节生物学数据库的数据存储格式19
第二节生物学数据库的检索29
思考题39
参考文献39
第三章序列比对原理40
**节序列比对相关概念40
第二节序列比对打分方法43
第三节序列比对算法49
第四节序列比对工具52
第五节多序列比对55
思考题58
参考文献59
第四章蛋白质结构预测与分析60
**节蛋白质结构组织层次60
第二节蛋白质结构的测定与理论预测65
第三节蛋白质对接79
第四节蛋白质折叠与疾病80
思考题81
参考文献84
第五章真核生物基因组的注释85
**节蛋白质编码基因的注释85
第二节RNA基困的注释90
第二节重复序列的注释91
第四节假基因的注释92
第五节案例分析=黄瓜基因组的注释93
思考题100
参考文献101
第六章转录组学102
**节转录组学概述102
第二节试验设计和测序流程105
第三节转录组数据核心分析107
第四节功能分析112
第五节RNA-seq数据分析案例122
思考题129
参考文献129
第七章非编码RNA134
**节非编码RNA概述134
第二节非编码RNA的分类138
第三节microRNA140
第四节circRNA147
第五节其他小分子RNA150
思考题154
参考文献154
第八章蛋白质组学156
**节蛋白质组学概述156
第三节蛋白质的大规模分离鉴定技术160
第三节蛋白质的翻译后修饰165
第四节蛋白质分选166
第五节蛋白质相互作用168
思考题174
参考文献174
第九章系统生物学175
**节系统生物学基本概念175
第二节系统生物学基本技术与方法179
第三节基因表达调控网络182
第四节代谢网络185
第五节信号转导途径188
第六节蛋白质蛋白质相互作用网络195
第七节虚拟细胞205
第八节生物学网络的构建、分析与可视化205
思考题209
参考文献210
第十章合成生物学213
**节合成生物学概述213
第二节合成生物学基础研究经典实例216
第兰节合成生物学应用研究经典实例222
思考题225
参考文献225
第十-章分子进化与系统发育227
**节分子进化与系统发育227
第二节分子系统发育树的构建方法232
第三节系统发育树构建及应用243
思考题254
参考文献255
第十二章统计学习与推理258
**节统计学习与推理基础258
第二节统计模型与参数推断262
第三节聚类分析、主戚分分析与Fisl阳判别265
第四节贝叶斯推理270
第五节隐马尔可夫模型272
第六节动态神经网络279
第七节支持向量机282
第八节MATL娼的应用实例287
思考题290
参考文献291
第十三章生物信息学编程基础292
**节Linux操作系统292
第二节生物信息学中的编程语言297
第三节SQL及数据库编程312
第四节并行计算321
思考题327
参考文献327
第十四章新一代测序技术及其应用329
**节测序技术概述329
第二节第二代测序原理330
第三节第二代测序技术的应用336
第四节生物信息学在第二代测序中的应用338
第五节生物信息学新技术与发展趋势343
思考题348
参考文献348